Transcriptomic microRNA Profiling of Dendritic Cells in Response to Gut Microbiota-Secreted Vesicles.
Por:
Díaz-Garrido N, Bonnin S, Riera M, Gíménez R, Badia J and Baldoma L
Publicada:
23 jun 2020
Ahead of Print:
23 jun 2020
Categoría:
Biochemistry, genetics and molecular biology (miscellaneous)
Resumen:
The interconnection between nutrients, metabolites and microbes is a key factor governing the healthy/pathological status of an individual. Thus, microbiota-based research is essential in order to better understand human health and nutrition. Gut bacteria release membrane vesicles (MVs) as an intercellular communication mechanism that allows the direct delivery of factors that prime the host's innate immune system. We have previously shown that MVs from intestinal E. coli activate dendritic cells (DCs) in a strain-specific manner. To gain insights into the regulatory mechanisms involved, here, we have used an RNA deep sequencing approach to identify differentially expressed miRNAs (microRNAs) in DCs which are challenged by the MVs of the probiotic Nissle 1917 (EcN) or the commensal ECOR12. MicroRNAs are post-transcriptional regulatory mediators that permit the fine tuning of signaling pathways. This approach allowed the identification of a common set of miRNAs which are modulated by MVs from both strains and miRNAs which are differentially expressed in response to EcN or ECOR12 MVs. Based on the differential expression of the target genes and subsequent validation experiments, we correlated some of the selected miRNAs with the reported cytokine profile and specific T cell responses. As far as we know, this is the first study to analyze the regulation of miRNAs in DCs by MVs released by gut microbiota.
Filiaciones:
Díaz-Garrido N:
Secció de Bioquímica i Biología Molecular, Departament de Bioquímica i Fisiologia, Facultat de Farmàcia i Ciències de l'Alimentació, Universitat de Barcelona, 08028 Barcelona, Spain
Institut de Biomedicina de la Universitat de Barcelona (IBUB), Institut de Recerca Sant Joan de Déu (IRSJD), 08950 Barcelona, Spain
Bonnin S:
Bioinformatics core facility, Centre for Genomic Regulation (CRG), The Barcelona Institute of Science and Technology, Dr. Aiguader 88, 08003 Barcelona, Spain
Riera M:
Secció de Bioquímica i Biología Molecular, Departament de Bioquímica i Fisiologia, Facultat de Farmàcia i Ciències de l'Alimentació, Universitat de Barcelona, 08028 Barcelona, Spain
Gíménez R:
Secció de Bioquímica i Biología Molecular, Departament de Bioquímica i Fisiologia, Facultat de Farmàcia i Ciències de l'Alimentació, Universitat de Barcelona, 08028 Barcelona, Spain
Institut de Biomedicina de la Universitat de Barcelona (IBUB), Institut de Recerca Sant Joan de Déu (IRSJD), 08950 Barcelona, Spain
Badia J:
Secció de Bioquímica i Biología Molecular, Departament de Bioquímica i Fisiologia, Facultat de Farmàcia i Ciències de l'Alimentació, Universitat de Barcelona, 08028 Barcelona, Spain
Institut de Biomedicina de la Universitat de Barcelona (IBUB), Institut de Recerca Sant Joan de Déu (IRSJD), 08950 Barcelona, Spain
Baldoma L:
Secció de Bioquímica i Biología Molecular, Departament de Bioquímica i Fisiologia, Facultat de Farmàcia i Ciències de l'Alimentació, Universitat de Barcelona, 08028 Barcelona, Spain
Institut de Biomedicina de la Universitat de Barcelona (IBUB), Institut de Recerca Sant Joan de Déu (IRSJD), 08950 Barcelona, Spain
Green Published, gold
|